Pieniński Park Narodowy został utworzony na mocy rozporządzenia ministra rolnictwa dnia 23 maja 1932 roku jako jednostka organizacyjna specjalna pod nazwą "Park Narodowy w Pieninach"

Obecny status prawny parku narodowego reguluje ustawa o ochronie przyrody z dnia 16 kwietnia 2004 r. (Dz. U. Nr 92, poz. 880 ze zm.), na mocy której Pieniński Park Narodowy jest państwową osobą prawną w rozumieniu art. 9 pkt 14 ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych (Dz. U. Nr 157, poz. 1240, z późn. zm.).

Organem wykonawczym parku narodowego jest jego Dyrektor powoływany przez ministra właściwego do spraw środowiska na drodze konkursu.

Dyrektor parku narodowego kieruje działalnością parku narodowego i reprezentuje park narodowy na zewnątrz. Ponadto realizuje ustalenia planu ochrony lub do czasu jego ustanowienia zadań ochronnych oraz wydaje zarządzenia dotyczące funkcjonowania parku narodowego, w tym określające sposoby udostępniania obszarów parku narodowego. Ma on też prawo do prowadzenia postępowań w sprawach o wykroczenia z zakresu ochrony przyrody oraz udziału w postępowaniach przed sądami powszechnymi w charakterze oskarżyciela publicznego i wnoszenia odwołań od postanowień i orzeczeń tych sądów w sprawach o wykroczenia z zakresu ochrony przyrody.

• ustawa z dnia 16 kwietnia 2004 r o ochronie przyrody - (Dz. U. 2009 r. Nr 151, poz. 1220) znowelizowana ustawą z dnia 18 sierpnia 2011 r. o zmianie ustawy o ochronie przyrody oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. Nr 224, poz 1337),
• rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 30 października 1954 r. ( Dz. U. 1955 r. Nr 4, poz. 24) o utworzeniu Pienińskiego Parku Narodowego, (par. 1),
• rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 14 maja 1996 r. (Dz. U. Nr 64, poz 307) w sprawie Pienińskiego Parku Narodowego,
• rozporządzenie Ministra Środowiska, z dnia 18 lutego 2013 r. w sprawie nadania statutu Pienińskiemu Parkowi Narodowemu z siedzibą w Krościenku nad Dunajcem,
• Plan Ochrony dla Pienińskiego Parku Narodowego z dnia 1 lipca 2014 r. (Dz. U. 2014 poz. 1010),
• rozporządzenie Ministra Klimatu i Środowiska z dnia 28 grudnia 2022 r. w sprawie specjalnego obszaru ochrony siedlisk Pieniny (PLC120002) (Dz.U. 2023 poz. 115).